文石书院创建於清朝乾隆三十一年（西元1766年），位於文澳厅治之右（今澎湖县马公市），由澎湖通判胡建伟（号勉亭，粤东三水县人）捐建设立，因文石为澎湖特产，其纹路班烂缤纷，以文石为书院之名，有期许澎湖人士文章炳蔚、足以经天纬地之意，乃清代在澎湖设立唯一之官方书院。文石书院初建时前有头门三间，中间架高为魁星楼，後堂为讲堂，书院之建筑历经多次修建、增删，乾隆五十五年（西元1790年）因风灾受损，通判王庆奎鸠资修补；嘉庆四年（西元1799年），通判韩蜚声改建魁星楼；嘉庆二十年（西元1815年），通判彭谦就院後再建一进，以祀文昌帝君；道光七年至十年（西元1827-1830年）期间，通判蒋镛结合澎湖水师协镇孙德发、右营游击江鹤捐廉倡修，由生员王云鹏劝捐、生员吕作屏督工，重新整修书院，并移建魁星楼於书院之东南方（即今址）；光绪元年（西元1875年），担任书院董事的生员蔡玉成，邀同黄步梯、蔡荣贤等人重议修建，规模焕然一新。
文石书院对澎湖教育贡献良多，嘉惠无数学子，开澎进士蔡廷兰以及举人辛齐光、郑步蟾、郭鹗翔等，皆出自文石书院。中法战争期间文石书院遭受破坏，至日治时期，地方人士才又重新整建改为孔庙。民国五十一年总统蒋中正视察澎湖後，令重新整建，但整修後仅存魁星楼保留历史风貌，民国六十六年澎湖县政府依照原貌，拨款重建魁星楼，为文石书院唯一留存可供思古追远之古蹟。民国八十八年县府又斥资改建成现今之新孔庙。
参考资料
林文龙，《台湾的书院与科举》（台北：常民文化出版，1999），页36-37。王启宗，《台湾的书院》（台中：台湾省政府新闻处，1987），页57。