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修业年限为预科一年，本科为四年。
初期课程，预科有动物学、植物学、物理学、化学、数学、地理、历史、伦理、外国语、体操等。本科有解剖学及实习、物理学及实验、医用动物学、医用植物学、胎生学、组织学、皮肤科学、处方学、调剂术实习、药物学、病理学总论、外科学总论、病理解剖、诊断学、绷带学、病理学各论、外科各论、梅毒学、小儿科学、医用机械学、外科手术学、内科学临床实验、法医学、精神病学、妇人病学、卫生学、卫生制度、细菌学、医学历史、外国语、体操等；後渐有修正。
初创时期，没有入学考试，具名推荐即可，学生入学的资格也订得极低；只须公学校初等科、听懂日语、年满十六岁便有报考资格。此时创设给费生制度不收注册费，反由学校给予生活费及杂费。
临床实习方面，早期的医学校没有属於自己的医院，只能由远路到台北仁济院或行旅病人收容所做临床实习。1905年高木友枝争取红十字病院作为实习医院，逐步实施临床实习和教学。
解剖用的屍体初期以没有家属的病死受刑人，或没有家属的死刑犯为主。1908年「台湾全终会」成立─由自愿提供自己死後的身体作系统解剖教材之用之有志之士，提供解剖实习用的屍体，才不再以受刑人为主要来源。
大约第五届开始，校方乃决定采行考试甄选方式，且规定需要公学校毕业，才具资格报考。至少在1909年时，医学校已经分为给费生及自费生，入学考试成绩较差者为自费生；公费生的条件是毕业後必须在公立医疗机构服务五年。
1906年增加公医养成、热带医学研究两项任务。1915年(大正4年)医学校为华侨设置修业年限三年之特设科，专收华南中国籍学生及居留中国之一部分台湾子弟。1918年新设置医学专门部，规定以养成日籍男医师为目的，修业年限为四年。同年设热带医学专攻科，修业年限一年。
1919年改制为医学专门学校，预科4年本科4年，预科入学资格为公学校6年毕业。1922年随新台湾教育令发布，实施共学制。1927年(昭和2年)改称为台湾总督府台北医学专门学校。1936年台北帝大成立医学部，并入帝大为附属医学专门部。
参考资料
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