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本遗址旧称太加蚋保贝塚，1901年由佐藤传藏首次报导，不过根据田代安定、伊能嘉矩等人的着书显示，此遗址似乎发现的年代可能更早。佐藤传藏与伊能嘉矩在这里调查发现陶器、石器、玉器以及大量的贝壳，日治中期对这个遗址没有进行调查与研究，直到日治末期才由金关丈夫与国分直一在当时的台北第一中学（即现在的建国中学）校园-作调查，根据他们两位在1954年的报告，当时在植物园与建国中学附近虽然发现伴有贝塚的遗址，但後来贝塚已经渐渐消失，考古学者对遗址的情况也不太清楚；经过金关丈夫与国分直一多次的调查，发现文化层仍保存在相当广泛的区域，植物园、建国中学到龙口里一带都有遗物出土。二次世界大战以後有关植物园遗址的调查与研究，一直处於停滞的状态，後来历史博物馆、林业试验所、国语实小等建筑物陆续兴建後，已经对此遗址造成很大的损害，不过经过1980年与1990年由黄士强、刘益昌、刘鹄雄等对遗址再做调查，以及1999年由刘益昌、郭素秋进行试掘工作，证实植物园遗址还残存着部份的文化层堆积。
经过多次的调查与试掘工作，植物园遗址陆续出土了不少遗物，包括了陶容器、陶盖、陶纺轮等陶质遗留，石锛、石凿、匙形石斧、巴图型石斧及有段石锛等石器，以及玉器与贝壳遗留等。考古学家根据遗址内出土的陶片特徵，发现此遗址有以方格印纹为主的陶片，以及与十三行遗址出土相似的红褐色几何纹陶片，因此认为植物园遗址应该至少包含了两个文化内涵：距今约两千五百年前至一千八百年前的植物园文化，以及距今一千八百年前至四百年前左右的十三行文化。有关这个遗址的重要文献包括了＜-先史考古学における近年の工作＞（金关丈夫、国分直一1954）、＜-先史时代の贝塚＞（国分直一1962）、《台北市考古遗址调查与研究》（刘益昌、郭素秋2000）、《台北市植物园遗址采集资料整理研究计画》（陈得仁、郭素秋等2004）等。植物园遗址是植物园文化的代表性遗址，考古学上的植物园文化也是以此遗址来命名，台闽地区考古遗址普查研究计画评监本遗址具有可以被列为古蹟的重要性，因此建议政府将植物园遗址指定为古蹟，而此遗址的存在与其所代表的文化内涵，也协-古学者更了解台北盆地的史前文化年代序列与内容。
参考资料 刘益昌、郭素秋《台北市考古遗址调查与研究》。台北市政府民政局委托研究，台北市：民政局，2000
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