日本京都市人。年少就读於长崎商业学校。16岁弃家、辍学，决心过流浪的生活。1895年以陆军通译身分抵台，随军队移防台湾各地，开始巡看台湾原住民各社，所见所闻激发他调查研究台湾「蕃地」的雄心壮志。1896年结识正在台湾东部进行调查旅行的鸟居龙藏，日後成为鸟居氏数度在台的助手兼向导、翻译。1900年与鸟居氏展开大规模的人类学调查，一度卷入「社蕃」的复仇战，险遭馘首之祸。此行两人登上玉山主峰顶。此後森氏即潜心台湾人类、地理、植物等之调查，足迹遍及台湾全岛。1913年森氏暂别台湾回日，东京帝大主动给予「理科大学嘱托」之职。1914年复应台湾总督府之邀，重返台湾担任蕃族科嘱托，并整理资料。1926年由於台湾原住民前途问题暨种种不如意，於航行台、日间的轮船上投海自杀。得年49岁。着作除了业已成书的《台湾蕃族志》1卷及《台湾蕃族图谱》2卷之外，其他散见於当时的台湾与日本各报纸、杂志。
参考资料
〔★森丑之助着、杨南郡译，《生蕃行脚》，2000〕〔→鸟居龙藏〕