其前身为荷兰人教授新港语的天主教堂，荷兰人於庙前留下一口红毛井。在明郑时，该庙庙址曾是沈光文教学之所；康熙时，将此改建为文昌祠，主祀文昌帝君，称文昌阁，今每年中秋举行五文昌祭典（并祀开台先师沈光文，有六文昌之称）。同治元年（1862）大地震，文昌阁毁，於是重建，并自台南大天后宫迎妈祖香火，因以妈祖为主神，故庙命名为庆安宫。日治後期皇民化运动时，日人拆庙并竖立北白川宫纪念碑於此，至战後始重建庙。目前善化庆安宫内右厢房还附设地方文化馆，计分地方文史，庆安公庙史，沈光文纪念文艺交流等区域作地方文物馆展示主题。
参考资料 唐德堑，《善化镇乡土志》，台南：三和，1982。黄文博，《南瀛地名志》，新营：台南县文化局，1998。林圣钦等撰述，《-地名辞书卷七：台南县》，南投市：国史馆-文献馆，2002。